Product Name: - Life Technologies

Document Number MAN0010820 Effective Date 18 Aug 14 Rev A.00 Language: IT
-20 °C o inferiore
®
AcroMetrix Oncology
Hotspot Control
Codice catalogo
969056
Rischio biologico
Uso previsto
Il controllo AcroMetrix® Oncology Hotspot Control è destinato all'uso con i dosaggi di sequenziamento di nuova generazione
(NGS, next generation sequencing) concepiti per identificare mutazioni somatiche nel DNA di campioni umani. Il controllo
costituisce un mezzo per valutare le variazioni dei test tra una giornata e l'altra e può essere d'ausilio nell'identificare l'aumento
di errori casuali o sistematici, come il cambio di lotto dei reagenti, deviazioni imputabili agli operatori e malfunzionamenti degli
strumenti. Questo prodotto è destinato all'uso diagnostico in vitro.
Riassunto e spiegazione
L'adozione dei metodi NGS nei laboratori clinici si sta diffondendo, con la conseguente necessità di standardizzare procedure,
protocolli e materiali per garantire coerenza nei risultati delle analisi tra laboratori, strumenti, piattaforme di test e tecnici di
laboratorio.
Vari organismi normativi, associazioni professionali e iniziative pubbliche hanno risposto alla rapida crescita delle analisi cliniche
NGS divulgando linee guida sui diversi aspetti del controllo qualità (QC) delle analisi cliniche di laboratorio. Ad esempio, la
checklist del CAP (College of American Pathologists) per le analisi di patologia molecolare prevede che i laboratori clinici usino
1
controlli positivi in ogni sessione analitica . Altre direttive, come le linee guida fornite dallo stato di New York, specificano
2
l’impiego di controlli a bassa frequenza contenenti diverse varianti di ogni tipo mentre il gruppo di lavoro Nex-StoCT del CDC
3
consiglia l'uso di materiali contenenti la maggior parte delle varianti, se non tutte .
In quanto controllo di qualità proprietario altamente multiplexato per la determinazione del DNA, il controllo AcroMetrix®
Oncology Hotspot Control è stato progettato per consentire ai laboratori di controllare le centinaia di ampliconi target dei pannelli
NGS. Contiene oltre 500 mutazioni provenienti dal database COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer), oltre a
cinque tipi di varianti con nucleotidi di lunghezza variabile. I 53 geni rappresentati nel controllo AcroMetrix® Oncology Hotspot
Control sono: ABL1, AKT1, ALK, APC, ATM, BRAF, CDH1, CDKN2A, CSF1R, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB4, EZH2,
FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT3, FOXL2, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, JAK3, KDR, KIT,
KRAS, MAP2K1, MET, MLH1, MPL, MSH6, NOTCH1, NPM1, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, SMAD4,
SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53, VHL
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Principi della procedura
®
Il controllo AcroMetrix Oncology Hotspot Control è composto da una miscela di DNA sintetico e DNA genomico in soluzione
tampone stabilizzante. Il DNA genomico proviene dalla stessa linea cellulare (GM24385) usata per lo sviluppo di un materiale di
riferimento del consorzio Genome in a Bottle del NIST. Il DNA sintetico, presente a basse frequenze, introduce centinaia di
varianti spesso osservate come mutazioni somatiche nel cancro. Queste 521 varianti sono state tutte confermate con il metodo
di sequenziamento Sanger.
Tabella 1. Distribuzione dei tipi di varianti nel controllo AcroMetrix® Oncology Hotspot Control
Varianti sintetiche
Varianti
genomiche
5-15%
15-35%
N.p.
317
155
32*
Varianti di più nucleotidi (MNV)
0
2
0
Delezioni
15
14
0
Inserzioni
9
8
2*
Range di frequenza target
Varianti di singolo nucleotide (SNV)
Varianti complesse
0
1
0
* Le varianti rilevate nel DNA genomico sono state confermate usando informazioni di pubblico dominio sul
sequenziamento dell'intero genoma per la linea GM24385. Le varianti genomiche saranno aggiornate non appena
saranno disponibili informazioni dal materiale di riferimento del Genome in a Bottle.
Reagenti di controllo
Codice catalogo
Nome controllo
969056
AcroMetrix Oncology
Hotspot Control
Quantità
®
3 x 25 µL
Precauzioni
®
Avvertenza – Il controllo AcroMetrix Oncology Hotspot Control contiene DNA non incapsulato. Benché il DNA non incapsulato
non sia ritenuto pericoloso, si consiglia di manipolare il controllo come prodotto a potenziale rischio biologico. Pertanto, durante
la manipolazione di tali materiali, rispettare le misure precauzionali universalmente stabilite per prevenire la trasmissione di
4,5,6
agenti infettivi .
Non pipettare con la bocca. Servirsi di mezzi di protezione personale, quali camici, guanti e occhiali protettivi. Non mangiare,
bere o fumare nelle aree dove vengono manipolati i campioni.
Disinfettare eventuali zone di dispersione di liquidi, materiali o schizzi con una soluzione di ipoclorito di sodio allo 0,5%. Smaltire
tutti i materiali e i liquidi usati nella procedura come se contenessero agenti patogeni.
®
Questo prodotto contiene ProClin 950 allo 0,0095% come conservante.
Le schede dei dati di sicurezza dei materiali (MSDS) sono disponibili con il codice prodotto MSDS 917335.
Istruzioni per la conservazione
Conservare a temperature pari o inferiori a -20 °C.
Non usare questi prodotti oltre la data di scadenza stampata sull'etichetta.
Per evitare la contaminazione, manipolare il prodotto seguendo tecniche standard e buone prassi di laboratorio.
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Istruzioni per l'uso
®
Decongelare il controllo AcroMetrix Oncology Hotspot Control a temperatura ambiente, vortexarlo delicatamente e centrifugarlo
in modalità pulse-spin (4-6 secondi) per raccogliere il contenuto al fondo della provetta.
Introdurre il DNA di controllo come campione indipendente nella fase del flusso di lavoro NGS che prevede la preparazione
®
della libreria. Il controllo AcroMetrix Oncology Hotspot Control deve essere manipolato in modo analogo al DNA genomico
estratto da campioni di routine e analizzato in parallelo con tali campioni.
®
Il controllo AcroMetrix Oncology Hotspot Control può essere sottoposto a un massimo di cinque cicli di congelamento e
decongelamento. Inoltre, può essere conservato a temperature comprese fra 2 °C e 8 °C per 6 giorni per un massimo di quattro
utilizzi.
Interpretazione dei risultati
I risultati di rilevazione delle varianti del controllo AcroMetrix® Oncology Hotspot Control possono differire in base al metodo di
preparazione della libreria, al metodo di sequenziamento e alla pipeline bioinformatica. Al fine di determinare le prestazioni di
base, l'utilizzatore deve includere risultati di più sessioni in condizioni diverse (ad es., operatori, sessioni analitiche, giornate
differenti) per creare un elenco di varianti attese che sia specifico per il laboratorio di pertinenza. Una volta compreso il range di
prestazioni, l'elenco di varianti attese può essere usato per confrontare i risultati del controllo AcroMetrix® Oncology Hotspot
Control per ciascuna sessione successiva.
Risultati attesi
Per verificare quante varianti del controllo AcroMetrix® Oncology Hotspot Control possono essere rilevate dal metodo NGS,
sono stati usati tre pannelli di test per la preparazione della libreria: il pannello Ion AmpliSeq® Cancer Hotspot Panel v2
(CHPv2) su Personal Genome Machine® (PGM™), il pannello TruSeq® Amplicon Cancer Panel (TSACP) su MiSeq® e il
pannello TruSight® Tumor Panel (TSTP) su MiSeq®.
In ciascun pannello di test per la preparazione della libreria sono stati usati i seguenti volumi di input del controllo:
Pannello di test per la preparazione
della libreria
Volume di AcroMetrix® Oncology
Hotspot Control
Ion AmpliSeq® Cancer Hotspot Panel v2
2,5 µL
TruSeq® Amplicon Cancer Panel
5 µL
TruSight® Tumor Panel
10 µL (in ogni preparazione della libreria)
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Per ciascun pannello, sono stati analizzati in duplicato due lotti di controllo AcroMetrix® Oncology Hotspot Control in almeno
due centri. Altri centri hanno analizzato uno solo dei lotti almeno due volte o entrambi i lotti una volta. Le variabili tra i centri
possono essere riconducibili a differenze in strumenti, operazioni e flussi di lavoro generali. Inoltre, variazioni nelle pipeline
bioinformatiche possono aver contribuito significativamente alla diversità dei risultati prestazionali.
Figura 1. Differenze prestazionali tra i diversi centri e pannelli
Il numero medio di varianti dei diversi tipi rilevate con il controllo AcroMetrix® Oncology Hotspot Control è indicato per
centro e raggruppato per pannello. Nota – Il numero totale di varianti per ciascun tipo è diverso in ciascun pannello.
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Per valutare la rilevazione di specifiche varianti tra pannelli differenti, sono state selezionate 22 varianti clinicamente significative
che erano state il target di tre pannelli.
Figura 2. Rilevazione di 22 varianti selezionate tra pannelli
L'analisi è stata condotta con i dati provenienti dai centri che avevano analizzato due lotti di controllo almeno una volta
o un lotto almeno due volte. La presenza delle varianti è indicata in blu scuro e l'assenza in grigio chiaro. Le differenze
tra i centri sono evidenti, anche tra quelli che hanno utilizzato lo stesso metodo di preparazione della libreria, e ciò
indica la probabilità che la pipeline bioinformatica abbia influito fortemente sulle prestazioni.
Gene
NRAS
ALK
CTNNB1
CTNNB1
PIK3CA
PIK3CA
PIK3CA
PDGFRA
KIT
FGFR2
KRAS
KRAS
AKT1
TP53
TP53
GNAS
EGFR
EGFR
EGFR
MET
BRAF
PTEN
Mutation CDS
c.182A>G
c.3522C>A
c.121A>G
c.134C>T
c.1624G>A
c.1633G>A
c.3140A>G
c.2525A>T
c.2558G>A
c.755C>G
c.183A>C
c.35G>A
c.49G>A
c.818G>A
c.743G>A
c.601C>T
c.2235_2249del15
c.2573T>G
c.2582T>A
c.3757T>G
c.1799T>A
c.202T>C
Mutation AA
p.Q61R
p.F1174L
p.T41A
p.S45F
p.E542K
p.E545K
p.H1047R
p.D842V
p.W853*
p.S252W
p.Q61H
p.G12D
p.E17K
p.R273H
p.R248Q
p.R201C
p.E746_A750delELREA
p.L858R
p.L861Q
p.Y1253D
p.V600E
p.Y68H
Panel
Site #
Lot #
Run/Prep#
Target
Frequency
5-15%
15-35%
CHPv2
TSACP
TSTP
4
5
6
7
1
8
9
10
11
1
1
2
1
2
1
2
1
1
1
1
2
1
2
1
2
1
2
1
2
1 2
1 2
1 2 1 2 1 1 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 3 4 1 2 3 1 2 1 2 3 1 2 3 1 2 1 2 1 2 1 2 A B A B 1 1 1 2 3 4 1 2 3 4
1
2
3
H11H11H11H11H00H00H00H00H00H00H00H00H00H00H00H00H00H00H00H00H00H00H00H11H11H11H11H11H11H00H00H00H00H00H00H00H00H00H00H00H00H00H00H11H11H11H11H11H11H11H11
9 8 8 8 7 8 6 6 8 7 7 7 8 8 6 8 10 10 10 9 9 9 12 3 8 2 4 3 8
5 5
5 6
4
3 4 5 4 4
10 9 10 10 8 9 8 8 7 9 8 9 9 10 8 9 9 11 9 11 11 10 9 7 7 7 7 5 6 4 3 3 3
3 4
7
8 8 8 5 5 5 5 6 6 6 7
9 7 9 8 8 9 7 8 8 7 8 9 8 8 8 8 7 8 9 9 10 9 7 2
2
8
7
7
9
8 8 6
4
5
8 7 9 8 8 9 8 8 8 8 8 9 8 9 8 8 7 8 9 10 11 8 8 2
2
8 5 7 5
7
9
8 7 6
4
5
9 9 8 7
10 10 10 9 7 14 6 5 8 10 11 7 9 10 8 9 8
5
3
5
5 6
7 4 8
8
6 9
5
4
9 9 8 7
11 10 10 9 7 14 6 6 8 10 11 7 9 10 8 9 8
5
3
5
5 6
7 5 9
8
6 7
5
4
9 9 9 9 10 10 9 9 9 7 10 10 9 9 8 9 8 7 10 11 9 11 10
4 4
4 4
5
5
8 7 21 6 8 8 7 7 6 6 8 8 7 8 8 9 8 8 8 9 8 9
5 5 6 6 8 5 5
5 4 7 3 6 5
7 7 4 6 4 5 4 5 4 4
15 17 34 14 15 14 13 14 16 14 15 15 15 16 18 16 16 14 16 15 18 15
9 10 11 7 7 12 6
6 11 42 7 5 8 11 8 10 8 7 5 6 5 6 7 6 7 7
8 10 10 10 9 7 6 9 10 11 10 9 9 8 10 8 8 11 9 10 10 10 9 8 6 10 7 6 9 10 10 7 7 12
6 8
7 9 5 5 5 4 6 6 6 6
9 10 10 9 9 8 9 9 9 10 10 10 9 10 9 8 8 9 10 10 11 9 10 11 11 8 10 13 9 7 5 6 8
7 7
8
7 8 5 6 5 6 6 6 5 5
8 8 10 10 9 8 8 9 8 8 8 8 7 8 7 8 7 8 10 9 11 10 10 18 20 27 19 17 19 6 6 7 6 3
7 8
8
8 8 7 5 6 4 5 7 6 6 6
7 9 8 8 6 8 7 7 6 6 7 6 5 6 8 7 6 6 8 7 8 7 9 11 15 12 7 8 11 6 6 6 5 54
11 9
6 5 5
5 7 5
6 5
8 8 7 10 6 8 8 8 7 7 7 7 7 7 7 7 6 6 8 8 6 8 6 5 5 8 4 3 4
23
5
6 5 4 4 4 4 5 4 5 4
7 9 8 7 8 9 6 7 6 7 7 7 8 7 7 8 6 6 8 7 8 9 6 4 7 5 4 6 3 5
4 5 42
4 4
4 4
5
4
9 9 9 9 8 8 11 6 10 9 8 9 9 9 9 8 9 8 8 10 9 8
5 7 8 6 5 6
6
9
4 6 10 8 8 9 7 7 5 5 5 5 7 6 7 6
22 22 23 25 24 22 23 25 24 24 21 18 23 19 21 24 23 24 21 21 19 27 25 21 23 25 22 19 27 34 32 26 28
18 12
18 20 11 14 11 12 14 16 14 13
23 21 24 23 23 23 21 22 21 23 24 24 20 21 21 24 22 20 21 20 23 26 24 11 14 9 12 12 13 22 16 16 18
18 17 13 17 13 18 21 20
14
15
22 21 24 23 23 23 21 21 22 23 22 23 24 21 21 22 22 20 21 22 23 26 22 10 12 8 11 11 12 22 16 16 18
18 17 13 16 14 18 21 20
14
15
21 24 22 24 25 23 22 22 23 22 23 22 21 23 23 23 25 22 22 24 23 22 23 14 17 12 12 10 10 15 17 14 17
11 13 12 11 13 14 17 19
9
11
22 21 22 23 24 22 23 23 20 22 26 25 25 24 21 22 22 20 23 22 21 24
25 25 22 27 26 24 15 17 15 15
12 15 14 17 14 16 20 20
14
16
24 32 28 35 20 20 17 24 21 22 25 26 32 26 23 30 23 26 20 21 23 28 24 21 14 23 23 13 16 13 9
20
8 9 12 18 14 17 12 10 7 10 7 8 9 11 9 10
Un riepilogo delle prestazioni ottenute con i diversi metodi per tutte le varianti è disponibile nella pagina del prodotto sul sito
Web di Life Technologies: http://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/969056
I risultati forniti dal produttore hanno esclusivamente scopo informativo. L'utilizzatore finale ha la responsabilità di stabilire i
propri criteri prestazionali.
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Per valutare la coerenza tra i lotti di produzione del controllo AcroMetrix® Oncology Hotspot Control, presso quattro centri sono
stati preparati e analizzati due lotti di controllo con il pannello Ion AmpliSeq® Cancer Hotspot Panel v2. Ogni lotto è stato
analizzato 1-2 volte in ciascun centro.
Figura 3. Coerenza tra i lotti
I diagrammi a scatola e baffi relativi alle requenze osservate con il metodo NGS sono raggruppati per frequenza del
target e tipo di variante. La similarità tra quartili superiori, quartili inferiori e valore mediano (indicato in rosso) tra il lotto 1
e il lotto 2 per ciascun tipo di variante dimostra la coerenza della rilevazione tra i diversi lotti dello stesso controllo.
100
Frequency
80
60
40
20
15-35%
5-15%
genomic
Lot 2
Lot 1
SNV
Lot 2
Lot 1
INS
Lot 2
Lot 1
SNV
Lot 2
Lot 1
INS
DEL
Lot 2
Lot 1
Lot 2
Lot 1
SNV
Lot 2
Lot 1
MNV
Lot 2
Lot 1
INS
Lot 2
Lot 1
DEL
Lot 2
Complex
Lot 1
0
Control Lot
Variant Type
Target Frequency
Limitazioni
®
Il controllo AcroMetrix Oncology Hotspot Control è destinato all'uso diagnostico in vitro. Non è finalizzato alla sostituzione dei
controlli interni forniti dalle ditte produttrici di kit diagnostici in vitro.
Bibliografia
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College of American Pathologists (CAP) Laboratory Accreditation Checklist
2.
New York State Clinical Laboratory Evaluation Program (CLEP) Laboratory Standards.
3.
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Centers for Disease Control (CDC). Update: Universal precautions for prevention of transmission of human immunodeficiency virus,
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Centers for Disease Control (CDC). Guidelines for prevention of transmission of human immunodeficiency virus and hepatitis B virus to
health-care and public-safety workers. MMWR 1989; 38(S-6): 1-36.
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Legenda dei simboli sulle etichette
Codice lotto
Data di scadenza
Produttore
Limiti di temperatura
Rischio biologico
Attenzione
Codice catalogo
Per uso diagnostico in vitro
Marchio europeo di conformità
Rappresentante autorizzato
Licenza per uso limitato n. 524 – AcroMetrix® Oncology Hostspot Control (IVD)
Avviso all'acquirente – L'acquisto di questo prodotto concede all'acquirente il diritto limitato e non trasferibile di usare la quantità
di prodotto acquistata esclusivamente a scopo di ricerca e solo in base ai brevetti posseduti e/o controllati da Life Technologies
Corporation riguardanti in modo esplicito questo controllo Acrometrix® Oncology Hotspot Control e i relativi metodi di utilizzo.
Non vengono concessi, espressamente, implicitamente o per preclusione, diritti di alcun genere basati su altri brevetti (inclusi
quelli necessariamente violati in virtù dell'uso del prodotto per lo scopo previsto), né diritti riguardanti altri utilizzi. Per
informazioni sull'ottenimento di diritti ulteriori, rivolgersi a outlicensing@lifetech.com oppure Out Licensing, Life Technologies
Corporation, 5791 Van Allen Way, Carlsbad, California 92008, U.S.A.
Licenza per uso limitato n. 451 – Divieto di rivendita
Avviso all'acquirente – La rivendita del presente prodotto è espressamente proibita. Non viene concesso alcun diritto di rivendita
del presente prodotto o dei suoi componenti, espressamente, implicitament o per preclusione. Per informazioni sull'ottenimento
di diritti ulteriori, rivolgersi a outlicensing@lifetech.com oppure Out Licensing, Life Technologies, 5791 Van Allen Way, Carlsbad,
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© 2014 Life Technologies Corporation. Tutti i diritti riservati. I marchi di fabbrica citati in questo documento sono di proprietà di Life
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TruSight sono marchi di fabbrica di Illumina, Inc.
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Produttore: AcroMetrix Corporation, 6010 Egret Court, Benicia, CA 94510, U.S.A.
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Regno Unito
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Sede centrale di Life Technologies Corporation
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Tel.: +1 760 603 7200 | Numero verde negli U.S.A.: 800 955 6288
Per assistenza, visitare il sito www.lifetechnologies.com/acrometrix o inviare un'email
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