What`s new in Phoenix®1.3

What’s new in Phoenix®1.3
Including Phoenix® WinNonlin® 6.3, Phoenix® Connect 1.3, Phoenix®
NLME 1.2, IVIVC Toolkit 2.1 for Phoenix®WinNonlin®, and
AutoPilot™Toolkit 2.1 for Phoenix®
New in Phoenix® 1.3
Phoenix 1.3 は従来の Phoenix 1.2.1 の機能に加えて、以下の新機能が追加されています。
 64bit ネイティブのアプリケーション
 Phoenix Connect オブジェクトの非 Windows 環境におけるリモート演算
 NLME の新しい計算エンジン QRPEM ( Quasi-Random Parametric Expectation
Maximization )の追加
 PsN (Perl-speaks-NONMEM) shell オブジェクト
 Data Wizard と Enumerate Worksheet ツール
AutoPilot Toolkit 2.1 for Phoenix® TM Version 2.1 では、version 2.0/2.0.1/2.0.2 の機能に加え、新たに尿データを解析できるよ
うになりました。3 つの新しいワークフローオブジェクトが加わり、尿データの NCA およ
びトラフ解析、尿データの NCA およびトラフ解析の検体比較、血中データ対尿データの
NCA 解析の比較の自動化が可能になりました。AutoPilot のライセンスをご希望されるお
客様は、japan.sales@certara.com までご連絡ください。より詳細な情報をご希望の方は
AutoPilot 2.1 Release Notes、または User’s Guide をご覧ください。
Data ‐‐ Column Transformation Column Transformation において、作成される新しいカラムに入力カラムの単位を付随
させる機能を新たに利用できます。新たに追加された Output Unit のアイテムにマッピン
グされたカラムが新しい出力カラムで使用される単位となります。この機能により、以前
よりご要望のあった、Column Transformation による新規作成されるカラムに単位を含め
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ることが可能になります。ただし、従来のバージョンの単位の変換機能や Column
Properties も引き続きお使いいただけます。
Data ‐‐ Data Wizard Data Wizard は Phoenix ワークフローにて使用できる機能で、同じデータセットを繰り
返し加工する時に便利です。その機能は旧バージョンの Column Properties、Filter
Worksheet および Column Transformation が 1 つに統合されたものです。Data Wizard
を使用した場合、Column Properties、Filter Worksheet および Column Transformation
を使用していた時と比べ、ワークフロー管理が容易になり、また端末への負担も軽減され
ます。
Data Wizard の実装に伴い Column Properties、Filter Worksheet および Column
Transformation の操作パネルは無くなり、使用できなくなりました。（Data Wizard を用
いれば同様の操作ができます。）ただし、旧バージョンの Phoenix で作成したデータを読み
込んだ場合は、上記３つの操作パネルが表示され、使用できます。Data Wizard の詳細な
使用法については PHX 1.3 User’s Guide をご覧ください。
Data – Enumerate Enumerate Worksheet と呼ばれるツールが新たに利用できます。このツールは、Phoenix
のワークシートにおいて指定された範囲内のカラムにおける特定の値を序数に置き換える
機能です。1 つ以上のカラムが選択された場合は、選択された全てのカラムの全ての特定の
組み合わせを列挙するオプションを選択することができます。ユーザーは列挙の開始点と
して 0 か 1 かを選択することができます。この機能は、Phoenix NLME のモデリング時に
カテゴリカル型共変量（男性、女性等）を数値化する時などに有効です。
Data – Filter Filter Worksheet の Built-in オプションにおいて、Replacement として空値（すなわち
ブランク）を使用できます。ワークシートをフィルタリングするための Selection (Exclude)
オプション（新バージョンでは Data Wizard 内で利用）では、同一の Selection 内で Ctrl+
クリックまたは Shift+クリックを使用することで複数のセルの除外をする機能を利用でき
ます。
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Documentation – Help Phoenix 1.3 に関する User’s Guide や Examples Guides のような文書を Phoenix の
Help メニューから参照できるようになりました。Help メニューの Documents から各文書
の PDF ファイルのリンクを参照できます。
Framework – Charting Phoenix の全てのグラフの軸名に Generic タグをカラム名やその単位に適用することが
できます。このオプションにより、軸名が入力データを正しく反映できるので、グラフテ
ンプレートの再利用を促進します。
適用できるタグは以下の通りです
<x:#> for the x column names ; <xunit:#> for the x column units
<y:#> for the y column names ; <yunit:#> for the y column units
#の部分は重ね書きなど 1 つ以上のグラフが存在する場合のカラムの順序を示します。これ
は RTF ラベルテキストと同様に通常のラベルテキストの中で動作します。
Framework – Configuration テキストオブジェクトのサイズ制限が無くなりました。新しいインターフェースからテ
キストオブジェクトをより柔軟性をもって扱うことができるようになります。また、テキ
ストの Find/Replace/Cut/Copy/Paste 等が他のフォーマットオプションと同じように
Phoenix の中で利用することができます。（例えば、NCA や NLME の Core Output など）
これらの機能は、右クリックメニューから使用できます。
Phoenix 1.3 は 64bit 版もしくは 32bit 版用のアプリケーションとして配置されます。
64bit 版のシステムに対して、Phoenix 64bit 版（Phoenix64 としてタイトルバーには
Phoenix.exe とラベル）と 32bit 版（Phoenix32.exe）の両方のアプリケーションがインス
トールされるので、Phoenix64 は Start メニューから Phoenix を選択した場合にデフォル
トでロードされます。
Phoenix64 では、システム上でソフトウェアがより多くのメモリを使用可能とすること
を意図して開発されていますが、パフォーマンスは必ずしも改善しません。Phoenix64 の
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計算結果は 32bit 版の結果と一致することは確認されています。Phoenix64 はコマンドライ
ンを介しての実行や Job Management System (JMS)を介したリモート演算が可能です。た
だし、以下の幾つかの機能は 32bit 版にのみ対応しています。

バージョン 6.0 以前の WinNonlin legacy files のインポート。例として、.pwo、
.pco、.pto および.cmd など。

ODBC のインポート

SigmaPlot オブジェクト

Autopilot Toolkit for Phoenix の機能
ユーザーが上記のいずれかの機能を必要とする場合には Phoenix32 が必要になります。
Phoenix32 では WinNonlin legacy files や ODBC のインポートが可能ですが、保存した
Project ファイルを Phoenix64 で開き、ワークフローを継続することは可能です。32bit 版
の OS で Phoenix.exe（64bit 版用アプリケーション）を実行することは可能ですが、32bit
版 Phoenix が起動します。
Framework ‐‐ File I/O Custom Import の新しいオプションでは、Phoenix の Object Browser の Documents フ
ォルダーにフォルダーやその中身のファイルを再帰的にインポートすることができます。
Phoenix Connect 1.3 のプラグインである PsN、R、S-Plus、SAS および NONMEM で
は入力としてファイルのショートカット（ファイルやフォルダーの位置へのポインター）
がサポートされます。この機能により、Phoenix は外部ファイルにリファレンスを保存して
おくことができます。これらのショートカットは入力としても使用でき、インポートして
Phoenix Project に保存するにはサイズが大きいファイルを用いた作業を促進します。これ
らのショートカットは JMS や RPS によるリモート演算を実行する際にも利用することが
できます。
新規作成された Project ファイルには、Workflow の上側に Shortcuts と呼ばれるデフォ
ルトのフォルダーが自動的に配置されます。このフォルダーにはインポートされたあらゆ
るショートカットの情報が含まれます。ファイルをショートカットとしてインポートする
には、File > Custom Import > File Shortcuts を選択するかプラグインのスクリプトから
パスを直接呼び出して下さい。PsN を除く全てのプラグインでファイルのショートカット
を使用するために、"PHX_SHORTCUT"というテキストを User’s Guide に記載されるツー
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ルごとの形式でスクリプトに含める必要があります。PsN ではドロップダウンメニューか
らショートカットを選択することでそれらをモデルに含めることができます。
Phoenix 1.3 では計算結果のショートカットとしてバイナリファイルをサポートしてい
ます。
Framework ‐‐ Object Browser Object Browser のツリー上でオブジェクトの並び替えが可能になりました。別の
Workflow にアイテムを移動させるときは再実行が必要になりますが、同じ Workflow 内で
あれば、再び実行をする必要はありません。ユーザーは Workflow の一番下にアイテムを移
動させることは、ワークフローの最後もしくはその後ろに置くことのどちらかを意図して
いるかが判別できないため、できません。その結果として、代わりに Workflow 自体を移動
させることができます。
Framework – UI オブジェクトを実行している最中も、UI 上で他のオブジェクトの確認や、編集が可能に
なりました。ただし、同時に複数の解析を実行することはできません。
プロジェクト保存のパフォーマンスが改善され、設定が変更されたオブジェクトや変更
後に一度も保存されていないオブジェクトのみを保存します。
Framework – Workflow 複数のカラムを選択削除することができるようになりました。ただし、2 つ以上のカラム
を選択した場合、Name のフィールドは選択できなくなることに注意して下さい。さらに、
マッピングされていないカラムを除外するボタンを利用することができます。
Edit > Preferences > Default Templates オプションを使用することにより、各オブジェ
クトに対するテンプレートを予め定義できるようになりました。これにより、Workflow 上
に新たなオブジェクトが作成される度に、自動的に予め定義されたテンプレートが適用さ
れます。1 つのオブジェクトに適用できるテンプレートは 1 つのみであり、それぞれのオブ
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ジェクトに対して作成したテンプレートをロードしておく必要があります。デフォルトの
テンプレートとしてロードされたオブジェクトは固定されておらず、修正することができ
ます。さらに、デフォルトのテンプレートは固定されず、必要に応じて新たなテンプレー
トの更新することも可能です。
Phoenix 1.3 では、たとえ実行に失敗したオブジェクトがあっても途中で停止せず、全て
のオブジェクトが実行されます。実行に失敗したオブジェクトは赤く表示され、実行に失
敗したオブジェクトが含まれることを通知します。
Grid Computing ユーザーは Remote Phoenix Server ( RPS ) に、NONMEM、PsN、R Script および SAS
をリモート演算としてサブミットすることができます。ただし、Workflow の全体ではなく
特定の種類の個別のアイテムのみがサブミットされることに注意して下さい。Phoenix Job
Management Service とは異なり、Merge アクションは必要ありません。Project ファイル
が生成された結果をもとに更新された段階で結果を利用することができます。
RPS を介してサードパーティーツールのリモート演算を実行するために Execute
Remotely オプション（Options タブから選択します）を利用する場合は、専用のライセン
スが必要になります。RPS は一般的な Phoenix の枠組みには含まれておらず、独自の
Administrator Guide が提供されます。RPS はサードパーティーツールがインストールさ
れたプラットフォームが Java をサポートしている限り（Java に基づいたアーキテクチャ）、
そのプラットフォーム上でプログラムを実行することを可能にします。このときの結果の
保存場所は、third-party のソフトごとに指定することができます。初期の出力結果の保存
先はそれぞれのサードパーティーツールごとに指定することができます。それぞれのジョ
ブに対して、固有のサブフォルダが作成されます。さらに、出力結果の保存先にネットワ
ークの共有名を指定することができます。
RPS は Job Management System に類似した機能であり、ログの確認やジョブの停止、
ジョブの優先順位の決定をサポートしています。詳細は、 User’s Guide および
Administration Guide をご覧ください。
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Job Execution ‐‐ JPS, JMS, JQS, RPS 
優先順位のリクエストを JMS Queue Server に要求する機能が搭載され、要
求時に Normal または High の優先順位を選択することができます。High の
優先順位が選択されたジョブは、Normal より処理が優先されますが、要求時
に処理を優先する理由を入力することが求められます。

ジョブの Merge 画面において、解析結果をマージする前に、閉じる必要のあ
る Project を自動的に閉じようとしますが、JMS を介して実行される Project
を手動で閉じるようユーザーに要求することはありません。ユーザーはデー
タを保存する必要がある場合は Project を保存するように促される可能性があ
ります。Merge 機能は何かしらのジョブが実行の最中には動作しません。

JMS Queue Server において、拡張性とパフォーマンスが向上しました。さら
に、jqs.exe.config ファイルにおいて maxHistory=”0”と設定することにより、
全ての履歴を記録できます。
NLME – Engines 混合効果モデルの新しいアルゴリズムである QRPEM (Quasi-Random Parametric
Expectation Maximization)が本バージョンからご利用いただけます。 QRPEM は本質的
には MCPEM (Monte Carlo Parametric Expectation Maximization)アルゴリズムと同等
であると見なされますが、コアとなる確率的数値積分の正確度を有意に改善する修正が加
えられています。2 つのアルゴリズムは標本が抽出される手法を除いて根本的には同一のア
ルゴリズムです。QRPEM はより効率的な手法で標本を生成します。
QRPEM のエンジンは Phoenix Model の Run Options タブにおいて Method のプル
ダウンメニューから選択いただけます。ユーザーは Advanced>>オプションを選択
することで QRPEM 固有の追加の設定オプションにアクセスすることができます。
このアルゴリズムの詳細な説明については User’s Guide を参照下さい。Phoenix
NLME 1.2 Examples Guide には QRPEM を使用した用例（Lyon）が追加されています。
NLME ‐‐ UI Phoenix Model の個体および母集団モデルの解析結果に、新しいワークシート Resid2 が
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追加されています。このワークシートには同値の IVAR で得られる 3 つまでの実測値が含
まれており、PK vs PD のプロットを作成する際のデータソースになります。さらに、PKPD
link モデルにおいて有用なプロットが追加されています。個体モデルの解析結果では
DV,IPRED vs DV2,IPRED2 と DV2,IPRED2 vs DV,IPRED と呼ばれます。母集団モデル
では、これらのプロットは自動的に作成されませんが、必要な際にはユーザーは Resid2 ワ
ークシートを用いて手動で作成することができます。
Phoenix Model の母集団モデルの解析結果には、モデル実行の収束の挙動を示すプロッ
トが初期設定で追加されます。収束のプロットには-2LL の減少を示すプロットとそれぞれ
の固定効果の挙動を示すプロットが含まれます。
Phoenix Model の個体モデルの解析結果には、偏微分のプロットが追加されます。偏微
分プロットではそれぞれの固定効果に関するそれぞれの推定値による（構造パラメーター
に関する 1 対 1 の）偏微分の結果が表示されます。Run Options タブにおいて、ユーザー
は使用する時間間隔の程度や偏微分を算出するための前進差分を取る際に固定効果に与え
る摂動の程度を指定することができます。ユーザーは場合によって出力されるプロットの
プロパティを選択して、Auto-Scale Best や Collapse Sparse Latticing を選択する必要が
あります。
特定の非ガウシアンモデルの出力結果に対して、残差プロットが表示されます。BQL オ
プションを使用した”observe”ステートメントのモデルとカテゴリー数が 2 つの”multi”ステ
ートメントを用いたロジスティックモデルについて表示されます。これらは予測値が合理
的に決定される唯一の観測値です。
Stepwise による共変量探索において-2LL の基準を選択した場合、共変量効果の追加と除
外の閾値を与える代わりに、ユーザーは 0.01 や 0.001 のような p 値を設定することができ
ます。これらの p 値は対象となる共変量効果の自由度と組み合わせることで、カイ二乗分
布の逆累積確率分布関数を使って閾値が算出されます。自由度は探索の際に選択されてい
る共変量効果においてアクティブな固定効果の数によって決定されます。通常は、固定効
果のベースモデルにそれぞれ選択された共変量効果の 1 つが加えられます。しかし、共変
量効果が N 個のカテゴリーをもつカテゴリカル型共変量である場合は固定効果の数（すな
わち自由度）は N-1 となります。
PKS Phoenix からの PKS 接続がプロキシサーバーを通して構成できます。この構成は PKS
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Configuration 画面から設定することができます。（Edit > Preferences > PKS > Instances
において Add ボタンをクリックして下さい。)
PKS ‐‐ Scenario Phoenix 1.3 では、PKS Scenario が保存されるとき Project History.csv という名前の新
しいアイテムが作成されます。そのファイルには PKS に保存する時点での Scenario にお
ける全ての入力の History が含まれています。
PKS Browserの新機能では、ユーザーはPhoenixのセッション間でGroupingの選択
を維持することが可能です。この機能はDisplay Options画面の新しいSet as default
display optionsのチェックボックスをチェックすることで利用することができます。
Tools ‐‐ BQL BQL rule set では、新しい条件付け置き換えのオプションを任意で利用することができ
ます。この新しいオプションを利用することで、2 つの連続する BQL 値の後に続く全ての
濃度値を（数値もしくは非数値に関わらず）ユーザーが指定した値に置き換えることがで
きます。このオプションのカラムは All Entries After 2 Consecutive - After Tmax
[Optional]とラベルされています。ユーザーが使用する必要がない場合はブランクになりま
す。
Tools ‐‐ Edit in Excel 様々なフォーマットに関する問題が解決され、Phoenix のデーブルを Excel に表示する
際により正確に反映することが可能になっています。
Tools ‐‐ NCA 解析されるプロファイルの投与設定が適切に設定されていない場合（ユーザーが不注意
で Main と Dosing の設定画面で同一のソート変数を使用しない場合に頻繁に起こりえま
す。）、0 時間に 0 単位投与の設定が適用されます。これが生じた際には、プログラムが
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Warning and Error のテキスト結果にメッセージを表示します。
Tools ‐‐ NONMEM ユーザーは NONMEM 6 と NONMEM 7 の両方に対するパスを選択し、実行ごとに使用
するバージョンを選択できるようになります。使用されるバージョンは NONMEM オブジ
ェクトの一部として保存されます。
Tools – Phoenix Connect Third‐Party Plug‐ins サードパーティーのプラグインの実行結果の出力先の初期位置をそれぞれのプラグイン
（例: NONMEM, PsN, R Script, SAS, S-Plus）に対して Edit > Preferences から指定する
ことができます。
ユーザーは Select Sources ボタンから、R スクリプトの入力としてバイナリもしくはワ
ークシートをデータソースとして選択することができます。ワークシートをデータソース
とすると、ソースのパラメーター名とパラメーターに含まれるカラムに基づいて R にデー
タフレームが作成されます。
Edit > Preferences の R-Script、SAS、S-Plus および NONMEM オブジェクトでは、
Development Environment が利用できます。このセクションにおいて Development
Environment が定義されると、ユーザーはこれらの Connect オブジェクトの Options パネ
ルの Start ボタンから定義された環境にアクセスすることができます。これにより、ユーザ
ーは他の指定の環境下でスクリプトが編集可能となり、更新されたスクリプトを Phoenix
に反映させることができます。さらに、そのスクリプトを Phoenix で実行し、出力結果を
通常の Phoenix のワークフローを通して処理することができます。
Phoenix Connect 1.3のプラグインであるPsN、R、S-Plus、SASおよびNONMEMで
は入力としてファイルのショートカット（ファイルやフォルダーの位置へのポイン
ター）がサポートされます。この機能により、Phoenixは外部ファイルにリファレン
スを保存しておくことができます。これらのショートカットは入力としても使用で
き、インポートしてPhoenix Projectに保存するにはサイズが大きいファイルを用いた
作業を促進します。これらのショートカットはJMSやRPSによるリモート演算を実
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行する際にも利用することができます。
新規作成された Project ファイルには、Workflow の上側に Shortcuts と呼ばれるデフォ
ルトのフォルダーが自動的に配置されます。このフォルダーにはインポートされたあらゆ
るショートカットの情報が含まれます。ファイルをショートカットとしてインポートする
には、File > Custom Import > File Shortcuts を選択するかプラグインのスクリプトから
パスを直接呼び出して下さい。PsN を除く全てのプラグインでファイルのショートカット
を使用するために、"PHX_SHORTCUT"というテキストを User’s Guide に記載されるツー
ルごとの形式でスクリプトに含める必要があります。PsN ではドロップダウンメニューか
らショートカットを選択することでそれらをモデルに含めることができます。
Phoenix 1.3 の新機能では R-Script、SAS、S-Plus および NONMEM オブジェクトの実
行時に Log Viewer を通して実行を確認することができます。このウィンドウから実行をキ
ャンセルすることができます。このウィンドウは実行結果に影響を与えずにいつでも閉じ
ることができると考えられます。
ユーザーは実行中に Log Viewer 画面で Pause や Resume の選択や Line Numbers を除
外することができます。
Tools ‐‐ PsN Phoenix Connect 1.3 には PsN オブジェクトが新たに追加されています。このオブジェ
クトは Phoenix のワークフローの一部として含めることができます。PsN のプラグインは
Phoenix と“Perl speaks NONMEM”（PsN）バージョン 3.4.2 の相互運用を可能にするよ
うに開発されています。PsN とはオープンソースであり、Bootstrap、Stepwise Covariate
Modeling、Visual/Numeric Predictive Check、Case Deletion Diagnostics、Log Likelihood
Profiling、Stochastic Simulation and Estimation および Monte Carlo Mapped Power な
どの高度な機能を提供する NONMEM のための Perl 言語のインタプリタ型インターフェー
スです。ユーザーはコマンドラインの一連の文字列を構築し、バッチプロセスとして実行
時に PsN にサブミットします。
PsN プラグインは通常の Phoenix を介さない PsN のように、コマンドラインから PsN
を管理します。通常との違いは、PsN プラグインがユーザーによる入力ファイルの系統化
や処理に必要なコマンドのリストの構築、重要な出力の収集についての補助をすることで
す。このプラグインの実行には PsN が Phoenix にアクセスできることが必要です。
さらに、
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PsN をローカル環境だけでなく、適切なリモート環境の設定が構築された場合（Phoenix
RPS を通して）リモートで実行することができます。
Tools ‐‐ R R Script オブジェクトでは、Include Workspace オプションによって任意で R のワーク
スペースを保存することができます。R ワークスペースは出力結果の中で RData と呼ばれ、
他の R オブジェクトの中で Select Source オプションを用いてソースとして選択することで
再利用することができます。
Tools ‐‐ WNL Classic Modeling 1/y*y、1/yhat および 1/yhat*yhat の重み付けを設定した全ての PK モデルは重み付け残
差カラムを生成します。これらの場合では以下のプロットがさらに生成されます。

Weighted Residual Y vs. X plot

Weighted Residual Y vs. Predicted Y

Weighted Residual Y vs. Observed Y
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