Chem-Bio Informatics Journal, Vol. 3, No. 4, pp.157-162(2003) 3次元医薬品構造データベースの構築と インターネットへの公開 山本陽一,倉田香織,浜田真向,土橋 朗* 東京薬科大学 薬学部 東京都八王子市堀之内1432− 1 *E-mail:dobashi@ps.toyaku.ac.jp 要旨 3次元医薬品構造データベースは分子モデリングソフトウェアである MacroModel によ り計算した医薬品の最適化構造を中心に、各種の構造データを収載したものである。この 開発の初期段階では医療用日本医薬品集(日本医薬品情報センター、東京)に収載された 医薬品に基づき、その構造データを作成し、データベースに格納した。各種の三次元分子 構造データは Web サーバーに格納されているため,クライアントのブラウザからプラグイ ンである Chemscape Chime、あるいは Java アプレットである Chemis3D を用いて医薬品構 造を3次元的に表示し,回転や拡大を達成する。また医薬品分子の分子運動のアニメーシ ョンとして動画表示することができる。分子運動のアニメーションは分子動力学計算から 得られる分子運動の軌跡に基いて作成され、分子内の結合軸上での回転を視覚化する。本 データベースは医薬品の最適化構造や分子運動アニメーションのほか、医薬品のコンホマ ー分布を圧縮収納したファイルや、分子軌道計算から得られる静電気ポテンシャルマップ を圧縮したバーチャルリアリティモデリング言語(VRML)ファイルなども提供する。医薬 品構造の探索は部分的な平面構造の描画、あるいは医薬品の一般名の入力のより、JChem ソフトウェアを通じて、最適化構造データを収納した SQL サーバーから行うことができる。 キーワード:医薬品構造データベース、最適化構造、コンホマー分布、分子運動、 静電ポテンシャルマップ 領域区分:医薬品研究と毒性研究支援システム Copyright 2003 Chem-Bio Informatics Society http://www.cbi.or.jp 162j
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