Risultati della Ricerca Titolo Protocollo di tipizzazione di lattococchi mediante tecnica PFGE Descrizione estesa del risultato Il protocollo è stato messo a punto presso la struttura del CRA-FLC di Lodi. Ceppi appartenenti alle specie Lactococcus lactis sp. cremoris, Lactococcus lactis sp. lactis e Lactococcus lactis sp. lactis var. diacetylactis sono stati tipizzati mediate tecnica PFGE (Pulse Field Gel Electrophoresis) che ha previsto la digestione del DNA genomico intero con due endonucleasi a taglio “raro”(NotI e SmaI), corsa elettroforetica in campo pulsato e analisi bioinformatica dei profili ottenuti tramite software BioNumerics v6.6. Nell’analisi sono stati inclusi anche i ceppi type per le specie Lc. lactis sp. lactis (ATCC19435) e Lc. lactis sp. cremoris (ATCC19257). Il DNA genomico intero è stato estratto in blocchi di agarosio e successivamente digerito con gli enzimi di restrizione SmaI e NotI. Successivamente il DNA è stato sottoposto a una corsa elettroforetica alle stesse condizioni di corsa per entrambi gli enzimi di restrizione: 6 V/cm con un pulse time da 1 a 10 sec. e un angolo di 120° per 22 h totali a 14°C. I gels sono stati poi sottoposti a colorazione e successivamente elaborati tramite software BioNumerics v6.6. L’analisi dei clusters è stata elaborata con metodo WARD, coefficiente di similarità DICE, e correlazione cofenetica (indice di consistenza del cluster). Tutti i ceppi di lattococchi sono stati anche precedentemente sottoposti a PCR specie-specifica per la conferma della specie Lc. lactis sp. lactis o sp. cremoris. La tecnica PFGE, con entrambi gli enzimi di restrizione utilizzati (SmaI e NotI), ha evidenziato un livello di ripetibilità > 95%. Pertanto, per ceppi che presentano profili PFGE con similarità superiori a questo livello, si può assumere che possa trattarsi di cloni dello stesso ceppo, ma una conferma potrà essere ottenuta solo da un confronto del profilo fenotipico (attività metaboliche, caratteristiche fisiologiche, sensibilità fagica, ecc.) di ceppi con profilo PFGE simile. L’analisi dei profili PFGE ottenuti con i singoli enzimi conferma innanzitutto l’elevato grado di biodiversità dei ceppi esaminati. L’elevata capacità discriminante dell’analisi PFGE non ha comunque portato a una completa separazione di ceppi appartenenti a subspecie diverse. In particolare, focalizzandosi sulle 3 specie di appartenenza dei ceppi, nei 5 clusters principali riconoscibili dal dendrogramma, solo un cluster racchiude ceppi appartenenti alla subspecie “lactis”, mentre negli altri sono presenti ceppi di entrambe le subspecie. Inoltre non si è registrata una particolare capacità discriminante nei confronti della varietà “diacetylactis”, essendo questi ceppi distribuiti in cluster diversi. Il protocollo può servire a laboratori di ricerca per la differenziazione a livello genetico di ceppi di batteri lattici da utilizzare per lo sviluppo di fermenti selezionati o per la caratterizzazione di ceppi presenti nella propria ceppoteca. Il risultato è prontamente trasferibile all'utilizzatore finale purchè abbia conoscenze di biologia molecolare e abbia un laboratorio con le adeguate attrezzature scientifiche. Per eventuali chiarimenti sul protocollo descritto, contattare il referente della scheda D.ssa Zago. Responsabile del risultato Miriam Zago Via Antonio Lombardo, 11, 26900 – LODI () Tel.: +39-0371-45011 E-mail: miriam.zago@entecra.it ___________________________________________________ Consiglio per la Ricerca e la Sperimentazione in Agricoltura 1/4 Anno 2014 Classificazione del risultato Comparto produttivo: Alimenti/bevande dell’industria alimentare (gelati, biscotti, birra, ecc.) ALIMENTI/BEVANDE DELL'INDUSTRIA ALIMENTARE Particolari categorie PRODOTTI TIPICI/TRADIZIONALI di prodotti/comparti Prodotti tipici/tradizionali produttivi: Categorie di ambiti di TEMATICHE TECNICHE SU SPECIFICHE FASI DELLE FILIERE ricerca: PRODUTTIVE Qualità dei prodotti QUALITÀ DEI PRODOTTI IN GENERALE Parole chiave tipizzazione genetica, biodiversità microbica, ceppi/colture microbiche Trasferibilità del risultato Si, trasferibilità immediata Natura del risultato di prodotto Aree interessate Aree a clima continentale Aree a clima mediterraneo Impatto dal punto di vista tecnico miglioramento qualità e salubrità dei prodotti caratterizzazione dei prodotti ai fini della loro tracciabilità Impatto dal punto di vista socioeconomico miglioramento qualitativo Impatto dal punto di vista ambientale tutela biodiversità ___________________________________________________ Consiglio per la Ricerca e la Sperimentazione in Agricoltura 2/4 Presupposti di contesto impianti/attrezzatura/laboratori specifici personale specializzato Soggetti istituzionali da coinvolgere Consorzi di tutela e valorizzazione Consorzi di produttori Laboratori di analisi Enti di ricerca Potenziali utilizzatori Industrie di trasformazione Consorzi di tutela e valorizzazione Enti di ricerca Università Modalità di diffusione Partenariati ricerca e competitività Progetti comuni con consorzi di tutela Progetti comuni con industrie di trasformazione Pubblicazioni Non sono presenti Pubblicazioni collegate al risultato ____________________________________________________ Progetto / Ricerca di riferimento Titolo del progetto Caratterizzazione di batteri lattici della ceppoteca CSL, studio della lisogenia e analisi di antibiotico-resistenza su ceppi di interesse industriale - LISOCSL Coordinatore del progetto Miriam Zago Via Antonio Lombardo, 11, 26900 – LODI () Tel.: +39-0371-45011 E-mail: miriam.zago@entecra.it ___________________________________________________ Consiglio per la Ricerca e la Sperimentazione in Agricoltura 3/4 Ente finanziatore Centro Sperimentale del Latte S.p.A. Breve descrizione del progetto e dei suoi obiettivi Caratterizzare ceppi di batteri lattici appartenenti alle specie Lactococcus della ceppoteca di CSL mediante tecnica molecolare di genotipizzazione e valutazione dello stato di lisogenia tramite metodica microbiologica e molecolare. Caratterizzare fenotipicamente gli eventuali fagi temperati presenti tramite profilo di spettro d’ospite e purificazione dei fagi temperati in grado di replicare su ceppo ospite. Valutare la sensibilità agli antibiotici di 7-8 ceppi complessivi di batteri lattici determinando la Minima Concentrazione Inibente (MIC) di 9 antibiotici. U.O. / Partner coinvolti nella realizzazione del risultato Non sono presenti Unità operative collegate al risultato Referenti istituzionali già coinvolti nella ricerca Non sono presenti Referenti già coinvolti per il risultato ___________________________________________________ Consiglio per la Ricerca e la Sperimentazione in Agricoltura 4/4
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