BaseSpace - genomics cloud computing - ベーススペースの使いかたイルミナテクニカルサポート癸生川絵里(Eri Kibukawa) ver. 2012/Nov/21 © 2011 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminaDx, BeadArray, BeadXpress, cBot, CSPro, DASL, Eco, Genetic Energy, GAIIx, Genome Analyzer, GenomeStudio, GoldenGate, HiScan, HiSeq, Infinium, iSelect, MiSeq, Nextera, Sentrix, Solexa, TruSeq, VeraCode, the pumpkin orange color, and the Genetic Energy streaming bases design are trademarks or registered trademarks of Illumina, Inc. All other brands and names contained herein are the property of their respective owners. Course Objectives – – – – – – 2 BaseSpaceとは BaseSpaceのインターフェイス BaseSpaceその他リソース今後のBaseSpace 装置からの接続とデータ転送実績とさまざまな使いかた BaseSpace とはどんなもの？メールアドレスを持つ人なら誰でも、解析や情報のやりとりをクラウド上で行う事ができる”環境”です。シーケンサから出力されるデータを自動で取り込むことができます。 3 クラウドとはどんなもの？クラウド・・・クラウドコンピューティングネットワークは雲マークで表すことが一般的に多い（通常はインターネット） ↑ クラウド = 雲ネットワーク、特にインターネットをベースとしたコンピュータの利用形態。データを自分のパソコン等のマシンではなく、インターネット上に保存する使い方、サービスのこと。 4 クラウドとはどんなもの？従来のコンピュータ利用 – ユーザがコンピュータのハードウェア、ソフトウェア、データなどを、自分自身で保有・運用管理・アップグレード ↑ クラウドコンピューティングクラウド(雲)コンピューティング – ユーザはインターネットの向こう側からサービスを受け、サービスを利用する。保有・運用管理・アップグレードは行なわず、どのサービスをどのくらい利用するか決め、サービス料がかかる場合は支払う。 5 BaseSpaceの着想イメージツール類はApp ストアでプラットフォームは Cloudでユーザの選択肢プラグ＆プレイ競争コミュニティー１クリックで使用権を購入セキュアスケールする信用/レーティングのように。 6 のように。 BaseSpace Ecosystem の概念図 App Space Medical History Scanned Charts Diagnostic Images Drugs & Immunization Electronic Medical Record Genomic Data Reference Content Lab Data Public Databases 7 Patient Schedule What is BaseSpace? いくつか項目をあげてみます BaseSpace は‘クラウド’上に構築されたサービスです. BaseSpace は”Amazon Web Services” をその土台のクラウド環境として使っています。ユーザはBaseSpaceをウェブブラウザから使います。 cf. http://aws.amazon.com/security basespace.com からログイン頂ければつかえます。 – イルミナ製品をお持ちの方も、お持ちでない方も、つかえます。 BaseSpace は現在ベータ版ですがMiSeqのデータを無料で使えるようにしています（ユーザ数 3000以上、2012年10月現在。） 8 BaseSpace インターフェイス 9 BaseSpace 10 basespace.illumina.com ログイン BaseSpace Dashboard – ダッシュボート（top page） 11 “Runs” ～シーケンシングランのエリア～ 12 Runs エリア top 自分がownerのRunと、他者からシェアされたRunのリスト表示 Next 13 Runs > Overview ↓ Run エリアが選択されている Overview > 14 データダウンロード 15 Runs > Samples Samples > 16 SAV (Sequence Analysis Viewer)機能（Runs >Charts）リアルタイムで、シーケンシング中のメトリクスモニタリングが可能（終了後の使用も可能） Charts > それぞれのチャートを拡大利用可能 17 Runs > RunSummary SAV のサマリタブ相当 RunSummary > 18 Runs > Indexing QC SAV のインデクスタブ相当 19 Runs > Sample Sheet サンプルシート情報の確認 20 Runs > Files イルミナランフォルダのディレクトリ構成とデータ確認が可能 21 Runs > Files 個別のファイルの閲覧、ダウンロードも可能 22 シェアリング/ データ共有/ invite 機能 2通りのシェア方法 23 （ * Runs > Overview編）２通りのシェア(招待)機能 1) メールアドレスによるシェア 2) 一意のリンクアドレスによるシェアリンクの場合は、GetLInkを押すことにより一意のリンクが生成される (ブルーの背景のURL) Emailアドレスを入力メッセージも送りたい場合は一つ下のフィールドに入力 Invite ボタンを押す ▲▼で、Read Only, Writeなど権限を選択可能 24 シェア(招待)機能招待メールが出されます Acceptが了承されたことが ownerにメール通知される招待された方がAccept を押すとシェア完了 25 シェアの取り消し、および一意のURLの削除メールアドレスによる非シェア一意のリンクアドレスを抹消リンクの場合は、Deactivateを押すことにより一意のリンクが抹消されます。その後再びGet Linkを押すことで新しいURLをもう一度生成することも可能です。 Xを押す＞Save Settingsで確定 26 “Projects” ～ Project ベースのエリア～ 27 2つのエリア、 Runs と Projects Runs Q30やSAVの機能、ランのログ、バイナリのベースコールファイル等、シーケンシングラン、ランクオリティーに関するメトリクスやデータを利用・チェックしたい場合に便利なエリア。 Projects FASTQ自動生成以降の、二次解析の実行や解析時のログ、解析結果を利用・チェックしたい場合に利用するエリア。 28 2つのスコープ Runs と Projects BaseSpaceにアップロードされたランデータは、ユーザ作成のサンプルシートに基づき、自動でデマルチプレックスされ、プロジェクト名毎のグループとしてまとめられます。 Runs から見えるデータと、Projectsから見えるデータは、それぞれに対しパーミッション（権限）が設定でき、シェアしたいコラボレータがいる場合、 Ownerは権限をそれぞれ別個に与え、制御することができます。例）ランデータだけが見える人ランデータだけが見え/書き込める人解析結果だけが見える人解析結果だけが見え/書き込める人 Ownerには全権限があります。 (Ownerを後から他の人に譲る（変更）することが可能になる予定です。) 29 Project エリア top 自分がownerのProjectと、他者からシェアされたProjectのリスト表示 Next 30 Project エリア > Overview 例１ 31 Project エリア > Overview 例２ 32 Projectエリア top から Appボタンで後続解析を実行選択可能なAppが表示され、実行することが可能です。 33 Project エリア＞ AppSessions 34 Project エリア＞App session > overview 35 Projectエリア > App Session > App results > Samples 36 Projectエリア＞App Session > App results > Files 各Appにて出力される実行結果 (レポート, 変異リスト, アノテーション, メタデータ等)は、全てProjectsエリアの App Resultsとしてアクセス可能となります. 37 Projectエリア > App Session > App Results > overview Project Note機能プロジェクトについてのNoteやメモを記入ここにNote内容が反映される 38 BaseSpace その他リソース 39 Feedback とサポート Contact Supportからのメールで開発チームに直接メールが届けられます。 Give feedbackから、新機能のご要望等を投稿し、また他の人の投稿に一票を投じることができます。 40 その他リソース Help 41 FAQ ! Terms Settings Blog BaseSpaceブログ blog.basespace.illumina.com 42 開発者向けポータルサイト API details, reference & sandbox Guide to creating an App Tutorials Videos SDKs in Java/Python/.NET Open Source Samples Community group feedback 43 developer.basespace.illumina.com 今後のBaseSpace 44 Appsが１月に公開 MiSeq Reporterに実装されている解析ワークフローは勿論 BaseSpaceでも可能です。随時最新のワークフローを提供します。 HiSeq 1500/2500からも接続できるようになります。（データを圧縮してアップロードします. 現在Early Accessフェーズ）。 HiSeq対応のAppをリリース予定です。 – iSAAC+GATK free integrated workflow 現在、Project エリアからベータAppをいくつか実行可能です（順次追加予定） 2012年いっぱいは他社製の有料Appもお試し無料です。 BaseSpaceはログインしますと、デフォルトで２つのランフォルダがデモとしてありますので、こちらでAppをお試し可能です。 45 BaseSpace Appsの拡充、レーティングの実装 * ベータ版からはまだ見えません 46 Coming Soon: SaaSとしてのApps (Software as a service) エリアからAppを選びます。課金Appと無料Appの両方を提供できるように * ベータ版からはまだ見えませんサンプルを選択し解析をスタート Appsはベンダーにより有料(価格)/無料が提示され、有料の場合はサンプル処理毎に課金される予定 47 ファーストApp パートナー Strand Life Sciences 様々なアプリケーション分野の主要ベンダーの参加最もよく使われているアカデミックツール類の提供 – BWA+GATK – Tophat+Cufflinks – Broad IGV さらなるソフトをBaseSpaceに実装テスト中 48 ストレージ登録時、1TByte無料で使用可能な状態 49 * ベータ版からはまだ見えません（開発中） * USモデル（予定） http://blog.basespace.illumina.com/?s=pricing 50 それでは、さっそく使ってみましょう 51 BaseSpace basespace.illumina.com 新規ユーザ登録（Sign up）メールアドレスと名前が必要 52 ログイン MyIllumina(iCom) アカウントをお持ちの方はそのままはじめてのログイン後サンプルとしてあらかじめ２ランほどのデータが共有されておりますので、こちらで遊んでみて下さい。その他 publicになっているイルミナ提供データ (BaseSpaceのシェア機能によるURL); https://basespace.illumina.com/s/flRIEtUDLckW https://basespace.illumina.com/s/10LqnNZbDBCN https://basespace.illumina.com/s/CWDKXszRUpUV https://basespace.illumina.com/s/5aw1nmzLnkhz https://basespace.illumina.com/s/SM88Z6ZpbRNG https://basespace.illumina.com/s/5w75fU56uHNq https://basespace.illumina.com/s/r5t3HYfD1F3r https://basespace.illumina.com/s/8fPIHc https://basespace.illumina.com/s/KsxdfW http://t.co/KL4UPElv https://basespace.illumina.com/s/yKhueteNhcsq https://basespace.illumina.com/s/yzs86yjoAMGd 装置をお持ちの方は、次頁へ 53 シーケンス開始時に、BaseSpace連携機能を選択 1 2 54 ＊MiSeqの例 “コントロールPC(local PC)でもデータ解析を複製”にチェックを入れる (推奨)ことでバックアップにもなり運用がロバストに 55 BaseSpaceへのデータ転送が可能になっている状態 56 データの流れ、どこからBaseSpace ？ Image capture Analyze image MCSやHCS /RTA ソフトウェア basecalling ここで装置からBaseSpaceに 1サイクル進み次第、逐次データをアップロード convert basecalled files into FASTQ ここから BaseSpace上 various analysis and re-analysis Report/visualization 57 MiSeqからのBaseSpace 利用数の推移 58 利用の仕方はさまざまです。ローカルデータ 59 2セットのデータを物理的に別々の場所に保有利用の仕方はさまざまです。 Informatics Lab シーケンス終了後すぐ、ドライの実験が始められます。 Wet Lab 居室からシーケンシングの進捗をリアルタイムモニタリング 60 解析結果を閲覧しディスカッション利用の仕方はさまざまです。 Project A Project B Project C 依頼元 A 依頼元 B シーケンシングコアラボ依頼元 C Run毎やProject毎にシーケンシング結果を分配。依頼元が素早く結果を確認することができる。 61 利用の仕方はさまざまです。 Invite! techsupport@illumina.com このQualityの原因はどこにあるのか…？このランのQ30が〇〇と思います。ランは以下の通り； https://basespace.illumina.com/s/8fPIHc これは～という理由に起因するものですので次のステップは～がすぐにできますテクニカルサポート各段階のサーベイで必要なファイルやチャートを統合的にすぐ確認できるので、素早く診断・対応ラン中やラン後にメトリクスの異変に気付いたときなど * 問題が解決した後はシェアを解除可能 62 Thank You! App Space Medical History Drugs & Immunizatio n Scanned Charts Diagnostic Images Electronic Medical Record Genomic Data Patient Schedule Reference Content Lab Data Public Databases ようこそ BaseSpace Ecosystem へ。みなさまのご参加をお待ちしております。 63